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谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。
为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南开始大显身手！
里面的登场人物众多，同为侦探的服部平次与他的小娘子和叶。
怪盗基德与青子，总爱猜谜的阿笠博士。
爱吃的元太，可爱的步美，小身板光彦。
小五郎妃英理，和他们的女儿毛利兰。
零，秀一，诸如此类不下几百人。
当然少不了造酒厂……
为了让作品从一开始就是解谜故事，同时由于作品播出时一般是观众用餐时段，制片方定下了一些原则。
例如以“遗体”一词代替“尸体”，让血液看起来是“黑色”而非“红色”，并回避与犯罪诡计无关的用刀刺伤或用子弹击中受害者的场景等。
因为该片要表现的并非犯罪本身而是柯南在案发后如何解开谜团，所以在播出两三年后就不再使用“杀人事件”作为剧集标题。
“话说，都这么多年，翻盖手机也变成了智能手机，柯南到底啥时候结束？”白泽提出个疑问。
“完结？已经有过设想……”柯南抚摸着下巴。
1. 柯南成功挖出黑衣组织，黑衣组织的人全部被抓住，柯南恢复原样，与灰原回到一起生活。
2. 灰原为了保护柯南牺牲了，最后柯南引来了黑衣组织的灭口，灰原为了保护柯南的安全而死亡。
3. 小兰牺牲了，最后得知柯南的真实身份后，小兰为了救柯南而牺牲。
4. 柯南的死亡，工藤也消失，大家难以接受。
然而，也有其他结局，如柯南率领众多势力团对抗黑衣组织，柯南变回新一与小兰重逢，等等。
“额，灰原呢？”白泽脑壳子有点乱。
“也有过设想，不过都只是设想而已。”柯南慢慢开口。
小哀手里掌握着APTX4869改良版制作的配方，所以黑暗组织一直没有放弃对小哀的追杀，柯南在知道了小哀的身份后，就让小哀住在阿笠博士的家里。
这一天阿笠博士和柯南元太一伙人都到外面的超市购物，柯南看出小哀的异样，但是小哀拒绝和大家一起去，原来是她已经感受到黑暗组织的伏特加和琴酒。
原来琴酒和伏特加早就盯上了小哀，只是在找合适的下手机会，伏特加把小哀打晕，和琴酒一起带着小哀离开了。
这边柯南正在紧张地想办法找到小哀，没想到小兰又不见了，柯南像往常一样回到侦探事务所，却找不到小兰姐姐，毛利小五郎这时候才开始着急，原来他以为小兰去了园子家。
柯南的好友秀一有一个很厉害的朋友水无玲奈，水无玲奈查到黑暗组织近年来一直在找的新型药，其实就是一种能控制人大脑的药，让吃了药的人完全听命于自己，只要这种药研制成功，黑暗组织就能统治日本。
没了主意的毛利小五郎和妃英理找到阿笠博士，希望能做些什么，看看能不能找到和小兰失踪有关的线索。
阿笠博士在万般无奈的情况下，把柯南就是工藤新一的事情告诉了毛利小五郎，因为他和工藤新一都已经感觉到，这次黑暗组织是要搞大事情，他们需要很多人的帮助。
毛利小五郎和妃英理听到这个消息，也没有表现出特别的惊讶，毛利小五郎本身就是侦探，对于柯南的身份不会一点也没有察觉，而妃英理有女人的直觉，很多时候看着柯南对小兰的照顾，她也隐约感觉到一些。
这个时候需要大家齐心协力的想办法去营救小哀和小兰，所以柯南的身份在这时候不是重点，阿笠博士也找来了工藤新一的父亲工藤优作，工藤优作和毛利小五郎，两个人似曾相识的神情。
原来他们很早就彼此认识，是同一所警校的校友，工藤优作一直关注着毛利小五郎的动向，一是因为柯南在毛利小五郎家里的原因，二是他也很喜欢小兰这个女孩子，知道新一和小兰彼此喜欢。
对于黑暗组织他也知道一些，共同的目标让两个人没有什么寒暄，直接进入正题交流彼此知道的线索，这下毛利小五郎才意识到问题的严重性，这个黑暗组织要是拿小兰的安危要挟新一，这两个人就都有生命危险，所以必须尽快找到小兰。
这边柯南和秀一查到了琴酒离开时开的车子，顺藤摸瓜找到了黑暗组织的老巢，原来组织里的神秘大boss是宫本家的人，想要称霸整个日本，才想出建立组织制药，控制住人，然后为自己做事。
随后柯南把地址告诉了工藤优作，工藤优作和毛利小五郎他们一起救出了小哀和小兰。
但是幕后大boss逃跑了，事情似乎告一段落，似乎还有更大的阴谋，但是万幸人没有事。
“额，可惜这只是一厢情愿罢了！”白泽看着柯南。
“没错，只要柯南一天不完结，便有着无线的可能。”柯南看着白泽。